東莞廣州中醫藥大學中醫藥數理工程研究院成立於2007年7月，是由東莞市人民政府與廣州中醫藥大學共同出資組建的產學研創新平台。研究院共設有智能計算與中醫藥數理工程理論研究中心、中藥創新工程中心、中醫藥社區衛生醫療智能信息服務網絡中心等三個技術中心，擁有中醫理論、中醫臨床、中藥新葯新產品開發、中藥提取工程、中醫藥信息等多領域的知名專家隊伍，同時依託廣州中醫藥大學“國家中藥現代化工程技術中心”、“廣東省現代中藥研發重點實驗室”、“廣東省新葯篩選重點實驗室”等國家級、省級重點實驗室（工程中心）技術資源，集多年中醫藥領域創新研發經驗，為東莞及廣東省內外企業與科研機構提供優質高效服務。

在項目與知識產權方面，研究院先後承擔了國家及省市各級課題44項，包括國家“十二五”科技支撐計劃、國家重大新葯創製、國家973計劃、廣東省產學研重大專項項目等一批具有較大影響力的重大項目，共獲得經費2600餘萬元；此外，研究院牽頭組織的國家863重大專項“區域醫療衛生信息互通共享關鍵技術與新醫療模式示範工程的研究”已通過實審答辯。研究院共申請專利35項，其中發明專利27項、實用新型專利6項、PCT專利2項；授權專利12項，其中授權發明專利6項、實用新型專利6項。

研究院十分重視產學研合作，已與一批醫藥企業及相關機構開展密切合作,其中包括眾生葯業、東莞康華醫院、太平人民醫院等東莞知名企事業單位。研究院利用自身資源孵化了廣東國方醫藥科技有限公司等9家醫藥企業。此外，研究院與德潤集團合作共建廣東松山湖中醫藥健康科技園，該項目總投資10億元，佔地面積107畝，建築面積13萬平米。園區定位於以中醫藥現代化為核心的，集研究開發、科學實驗、市場營銷、健康服務、醫療健康信息化與文化傳播於一體的高端中醫藥健康科技產業園。